制药工程系设有中药学、药物制剂技术、药品生产技术、中药制药技术、生物制药技术、医疗设备应用技术、制药设备应用技术共七个五年制高职专业，以及三年制中专中药专业。以上专业中，有江苏省课程改革实验点专业1个、江苏省示范专业3个、江苏省特色专业3个、徐州市特色专业5个、江苏联合职业技术学院重点专业5个，拥有江苏省药品生产技术现代化专业群、江苏省职业学校现代化实训基地等。
本系目前有在校生1900余人，拥有一支结构合理、技能精湛、“双师”素质、专兼结合的师资队伍，其中有江苏省职业教育领军人才2人，江苏联合职业技术学院专业带头人5人、教学能手1人，专兼职教师中高级职称及研究生以上教师占比高。
本系按照“理念上超前于企业、设施上同步于企业、标准上接近于企业、技能上适配于企业”的指导思想，建成了具有真实职业氛围的注射剂GMP实训车间、固体制剂实训基地、化学制药实训基地等全国一流的现代化高标准校内实训基地，被江苏省教育厅评为“优秀实训基地”、“江苏省职业教育实训基地”，被教育部确定为“国家职业教育实训基地”等。“制药技术实训基地”是江苏省现代化实训基地和高水平现代化实训基地，拥有注射剂、眼药水、口服液、片剂、胶囊剂、颗粒剂等常用剂型的生产线，具有日常教学、科研、实验和实训、产品中试及生产、企业员工培训和职业资格鉴定等综合功能。
在课程设置、课程改革、学生就业上，本系先后与扬子江药业、江苏康缘药业、徐州恩华药业、万邦药业、徐州天荣医疗设备有限公司等多家大型医药和医疗器械企业广泛开展校企合作，建立学生实习与就业基地，充分发挥由行业、企业参与课程设置、课程改革、学生就业的指导作用，始终保持教学内容与企业需要接轨，与企业发展同步。为了促进学生的个性发展，我系还开设了40多学分的选修课程，学生可根据自己的爱好、特长，专业发展需要等自主选修，提高学生的综合素质。
本系全体教师在教育教学上贯彻“以服务为宗旨，以就业为导向，以能力为本位”的职业教育理念，既注重学生实践动手能力的培养，又注重学生日常行为习惯和职业道德的养成教育，使学生既会做事，又会做人，既能迅速上岗，又具发展潜能。